Ekologické poľnohospodárstvo je praktickým krokom k ochrane biodiverzity – biologickej rozmanitosti.
Kým v konvenčnom poľnohospodárstve ide o dosiahnutie čo najvyšších výnosov pestovaním v monokultúrach, ekofarmy sa podobajú na mozaiku, kde sa nachádzajú polia, lúky, pasienky, sady, záhrady i remízky.
Nepoužívanie pesticídov, hnojenie organickými hnojivami, pestré osevné postupy, pestovanie medziplodín, zaraďovanie menej bežných druhov kultúrnych rastlín, voľba tradičných krajových odrôd, opatrenia krajinotvorby - to všetko prispieva k zvyšovaniu biodiverzity.
Štúdie preukázali zhruba 2x viac rastlinných druhov na ekologických farmách v porovnaní s konvenčnými, viac bezstavovcov, vtákov a vyššiu mikrobiálnu aktivitu pôdy.