Pri produkcii surovín neboli použité agrochemikálie, pri vlastnej výrobe biopotravín neboli použité potravinárske chemikálie (napr. konzervačné, prifarbovacie, dochucovacie látky...). Neboli tiež použité postupy, ktoré môžu mať negatívne účinky na ľudské zdravie (napr. ožarovanie, plynovanie, bielenie...).
Výskumy preukázali podstatne nižší obsah reziduí pesticídov a nižší obsah dusičnanov v bioproduktoch v porovnaní s konvenčnými produktmi (až o 25%), predovšetkým v zelenine a zemiakoch.
V ekologickom poľnohospodárstve sa nesmú používať geneticky modifikované organizmy (GMO). Geneticky modifikovaná sója, kukurica a iné produkty sú zakázané ako pre kŕmenie zvierat, tak i pre ľudské potraviny.
Ekologickí poľnohospodári úplne odmietajú GMO ako niečo úplne absurdné, čo nemá v prírode svoje miesto. Navyše, ešte nie sú dostatočne preskúmané všetky riziká spojené s ich zavádzaním, napr. vznik nových alergií alebo vypestovanie rezistencie voči antibiotikám.